freee会計で確定申告する方法｜青色・白色とe-Taxの流れ

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こんにちは、会計×AI.com運営者のコマニです。

freee会計を使えば、質問に答えるだけで確定申告書ができる。そう聞いて始めたものの、実際の画面を前にして「未登録の明細は残っていないか」「青色申告と白色申告で何が変わるのか」「e-Taxはどの方法を選べばよいのか」と手が止まる方は少なくありません。

先に結論を言うと、freee会計の確定申告は、申告画面から始める作業ではありません。銀行・カードの明細、現金取引、売掛金・買掛金、固定資産、家事按分、棚卸などを先に確かめ、その帳簿をもとに申告書を作る順番が大切です。申告画面だけを丁寧に入力しても、元の帳簿に抜けや重複があれば数字は合いません。

この記事では、2026年8月18日時点のfreee公式情報と国税庁・e-Taxの案内を確認し、個人事業主が日々の記帳から青色・白色申告、マイナンバーカード方式による電子申告、送信後の確認まで進む手順を解説します。個別の経費計上や控除の可否は、ソフトの表示だけで決めず、税務署または税理士へ確認してください。

• 確定申告前に帳簿で確かめる項目
• 青色申告と白色申告の進め方
• e-Taxで提出して結果を確認する流れ
• 無料利用と有料プランの境界

freee会計で確定申告する流れ

freee会計の確定申告は、日々の記帳、年末時点の決算作業、申告内容の入力、提出、受付結果の確認という順に進みます。画面の質問へ答える工程は後半です。前半の帳簿が整っているほど、申告書で直す場所が少なくなります。

日々の取引を登録する

銀行口座やクレジットカードを連携すると、入出金明細がfreee会計へ届きます。「自動で経理」では取引先や摘要をもとに勘定科目・税区分などの候補が表示されますが、候補を確認せず登録し続けるのは避けたいところです。同じ店でも、事業用の消耗品と私用の買い物が混ざる場合があります。

現金で払った経費、現金売上、連携していない口座、開業前の支出も忘れやすい項目です。領収書や請求書は取引へ添付し、プライベート分は事業主貸・事業主借など、自分の状況に合う処理を確かめます。勘定科目や税区分に迷う取引は、過去の候補をそのまま採用せず専門家へ相談しましょう。

決算に必要な事項を反映する

日々の取引登録が終わったら、12月31日時点で帳簿に足りない決算項目を確認します。自宅兼事務所の家賃・通信費などの家事按分、パソコンや機械の固定資産、年末に残る商品・材料の棚卸、未入金の売上、未払いの経費といった項目です。

ここは申告書の質問だけで完結しないことがあります。たとえば固定資産の耐用年数、家事按分の比率、少額資産の扱いは、資産や利用実態で判断が変わります。freee会計は計算と帳票作成を助けますが、前提条件を決めるのは利用者です。

申告内容を入力して提出する

帳簿と決算事項を確かめたら、「確定申告」メニューから所得税申告書類の作成へ進みます。freee公式ヘルプでは、一般事業主向けの画面を「基本」「収支」「確認」「提出」「完了」の五つのステップで案内しています。本人情報、収入、各種控除、納付・還付に必要な情報を順に入力します。

提出方法は、freeeからの電子申告、e-Taxソフトへ取り込む方法、書面の持参・郵送などから選びます。提出後は送信しただけで終わらせず、受付結果と受信通知を確認し、申告書控え、決算書、受信通知、納付記録を保存してください。

申告前に帳簿を確認する

確定申告画面へ進む前に、帳簿側で抜け・重複・残高差を減らします。前年と同じ処理を繰り返すだけではなく、今年から始まった取引、解約したサービス、買い替えた資産、私用との混在を見てください。

未登録明細と重複をなくす

銀行・カード連携では、取得済みでも未登録の明細が残っていることがあります。反対に、銀行明細から登録した支払いと、レシートから手入力した支払いを二重に入れる例も珍しくありません。未登録件数をゼロにするだけでなく、同じ日付・金額・取引先の取引を見比べます。

口座同期が途中で止まっていた期間、カードの締め日前後、現金引出し後の支払いはとくに確認したい場所です。口座間の資金移動を収入・経費として登録していないかも見ます。操作全体を先に確認したい方は、freee会計の使い方を解説した記事も参照してください。

残高を外部資料と照らす

銀行残高は通帳やネットバンキング、カード残高は利用明細、売掛金は未入金一覧、買掛金・未払金は未払い一覧と照らします。freee会計の数字だけを見て「合っているように見える」で終えず、会計ソフトの外にある資料を基準にします。

差額が出たら、開始残高、対象期間、未登録明細、日付のずれ、口座振替、決済済みの登録を一つずつ確かめます。差額を雑収入や雑損失へ入れて合わせると原因が残り、翌年も同じ問題が起きます。少額でも理由が分からない差は、申告前に解消しておきましょう。

売上と経費の期間を確かめる

入金日と売上を計上する日、カードの引落日と経費を計上する日は同じとは限りません。年末に請求済みで翌年入金となる売上、年内に利用して翌年払う経費などは、現金の動きだけでは年分がずれることがあります。

どの時点で売上・経費にするかは取引内容や採用する会計処理で変わるため、具体的な判断は税理士へ確認してください。少なくとも、12月と翌年1月の請求書・入出金を並べ、計上漏れと翌年分の混入がないかを確かめると見つけやすくなります。

証憑と控除資料を集める

事業の領収書・請求書だけでなく、生命保険料控除証明書、社会保険料の支払資料、寄附金の証明書、医療費に関する資料など、申告内容に応じた書類を用意します。どの控除を使えるかは個別条件で変わります。入力欄があることを、適用できる根拠と取り違えないでください。

青色申告と白色申告の違い

freee会計は青色申告と白色申告の書類作成に対応しています。ただし、ソフトを使えば自動的に青色申告になるわけではありません。事前の承認申請、帳簿の付け方、提出期限など、制度上の要件を満たす必要があります。

青色申告は帳簿要件がある

青色申告特別控除には、65万円、55万円、10万円の区分があります。2026年8月時点で、65万円控除は55万円控除の要件に加え、確定申告書と青色申告決算書をe-Taxで送信するか、一定の優良な電子帳簿保存の要件を満たす必要があります。

55万円控除では、正規の簿記の原則による記帳、貸借対照表・損益計算書の添付、期限内申告などが前提です。10万円控除は、65万円・55万円の要件を満たさない青色申告者が対象となる場合があります。要件は改正されることがあるため、申告する年分の国税庁資料を確認してください。

白色申告も記帳が必要

白色申告は青色申告より帳簿が簡素と説明されることがありますが、記帳と帳簿書類の保存が不要になるわけではありません。収入金額や必要経費を記録し、収支内訳書と確定申告書を作ります。

freee会計では日々の取引データから収支内訳書の作成を進められます。とはいえ、私用支出を除く、事業分の金額を確かめる、必要な証憑を保存する作業は残ります。白色申告だから年末に一年分をまとめて入力すればよい、とは考えないほうが無難です。

控除額だけで選ばない

青色申告は特別控除だけでなく、事前手続きや日々の記帳が伴います。これから事業を始める方は、申請期限と自分が続けられる記帳方法を確認しましょう。すでに白色で申告している方が青色へ変える場合も、その年分から適用できるかを税務署へ確かめてください。

申告書をfreee会計で作る

帳簿の確認後、freee会計の確定申告画面で本人情報、収入、控除、納税・還付に関する質問へ答えます。画面は入力を案内してくれますが、証明書や原資料と照らす工程を省かないでください。

基本情報を最初に確認する

氏名、住所、事業所、税務署、青色・白色の区分、申告する年分を確認します。引っ越し、屋号変更、開業・廃業、事業所の追加があった年は、前年データの引継ぎだけで済ませず、今年の情報へ直します。

利用者識別番号をすでに持っている方は、新しく取り直す前に既存番号を確かめましょう。複数取得するとメッセージや過去データの確認で混乱する場合があります。分からないときはe-Taxの案内に沿って確認します。

収入と所得控除を入力する

事業所得以外に給与、雑所得、不動産所得などがある方は、その内容に応じた入力が必要です。源泉徴収票や支払調書がある場合は、支払者、収入金額、源泉徴収税額を原資料と照らしてください。

社会保険料、生命保険料、寄附金、医療費、配偶者・扶養などの項目も、質問へ「はい」と答えるだけでは終わりません。証明書の金額、対象者、支払者、適用条件を確かめます。freeeのサポートは画面操作を案内できますが、個別の控除可否まで回答できない場合があります。

決算書と申告書を見比べる

青色申告決算書または収支内訳書の売上・経費・所得と、確定申告書の事業所得がつながっているかを確認します。前年と比べて大きく変わった科目、マイナス残高、異常に大きい事業主貸・事業主借も見ましょう。

エラーが表示されないことは、会計内容が正しい証明ではありません。ソフトは入力形式や計算関係を点検できますが、取引の実態までは知りません。申告書を提出する前に、帳簿、決算書、申告書、証明書を一続きで見ます。

提出前にPDFを保存する

電子申告でも、送信前の申告書と決算書をPDFで保存しておくと確認しやすくなります。送信後の受付結果、受信通知と一緒に保管し、どの版を提出したか分かる名前を付けます。

年度締めは、提出と最終確認が終わってからで構いません。先に締めると修正が必要なときに巻き戻しが発生します。締める時期と確認項目は、freee会計の年度締めの記事で詳しく解説しています。

e-Taxで確定申告を提出する

2026年8月時点で、これから電子申告を始める方はマイナンバーカード方式を基本に考えます。スマートフォンをカード読取に使う方法や、対応するICカードリーダーを使う方法があります。端末、OS、アプリの対応状況は申告前に確かめてください。

必要なものを先に用意する

マイナンバーカード、カードに設定した暗証番号、利用者識別番号、対応スマートフォンまたはICカードリーダー、freeeの電子申告・申請アプリなどを用意します。署名用電子証明書や利用者証明用電子証明書には有効期限があります。

暗証番号を思い出せない状態で申告当日を迎えると、ロック解除や再設定で時間がかかります。カードを読み取れるか、アプリへログインできるか、利用者識別番号が既存情報と一致するかを早めに試してください。

送信チェックを行う

freee会計で申告内容を作り、提出ステップから電子申告へ進みます。送信前のチェックでエラーが出た場合は、帳票名と項目名を確認し、元の入力へ戻って直します。使えない文字、必須項目の不足、利用者識別番号の不一致などが原因になることがあります。

エラーを消すために意味の違う値へ変えるのではなく、公式ヘルプで該当メッセージを探します。原因が分からなければfreeeの窓口やe-Taxヘルプデスクへ問い合わせましょう。申告期限直前は混みやすいため、送信テストまで早めに進めるのが現実的です。

受付結果と受信通知を見る

送信ボタンを押したあと、正常に受付されたかを確認します。受付番号や受信通知が表示され、申告データが受け付けられたことを確かめてください。エラーや処理中のままなら、再送する前に現在の状態を確認します。

受信通知を見ずに同じ申告を再送すると、どれが最終版か分かりにくくなります。申告書・決算書の控え、受付結果、受信通知、添付資料、納付記録を同じ年分の保管場所へまとめましょう。

ID・パスワード方式の注意

国税庁は2025年10月1日から、ID・パスワード方式で使うID・パスワードの新規発行を停止しています。2026年8月時点では、すでに届出を済ませてID・パスワードを持つ方は引き続き利用できますが、持っていない方は新たに選べません。

また、国税庁はID・パスワード方式を令和9年分の確定申告から利用できなくする予定と案内しています。既存利用者もマイナンバーカード方式への移行を見込んで準備してください。最新の扱いはe-Tax公式FAQで確認できます。

無料利用と料金の境界

freee会計には無料で試せる期間がありますが、無料体験、お試しプラン、プラン未契約は同じ意味ではありません。2026年8月時点の公式ヘルプでは、お試し状態では申告内容の入力まで可能でも、確定申告書類の出力には制限があります。実際の申告へ使うなら有料プランを前提に考えましょう。

確定申告書の出力は有料

有料プランでは確定申告書類の作成と出力、電子申告に必要な機能を利用できます。無料体験は、銀行・カード明細の取込、取引登録、レシート撮影、申告画面の操作感を確認する期間として使うのが分かりやすいでしょう。

プラン未契約でも取り込んだデータ自体が保存される場合はありますが、閲覧や出力、同期などに制限があります。「一年分を無料で入力し、申告直前だけ出力する」という運用が現行条件に合うとは限りません。詳しい違いは、freee会計の無料利用範囲の記事も確認してください。

スターターとスタンダードを比べる

2026年8月18日時点の公式料金ページでは、個人向けスターターは年払いで月額換算980円、年額11,760円、月払い1,780円です。スタンダードは年払いで月額換算1,980円、年額23,760円、月払い2,980円。表示はいずれも税抜です。

スターターには確定申告書類の作成、銀行・カード明細取得、基本的な請求書作成などが含まれます。スタンダードでは、消費税申告、レシート等の保存容量、自動レポート、サポートの優先対応などが広がります。消費税申告が必要か、証憑の量はどれほどかを見て選びましょう。

公式の最新条件を確認する

料金、保存容量、サポート、プラン名は変更される可能性があります。申込前にはfreee公式の個人向け料金ページで最新条件を確かめてください。自分に必要な機能が無料体験中に見えるか、出力と提出まで同じプランで進められるかも確認します。

料金・機能は2026年8月18日時点、税抜表示です。契約時はfreee公式ページの最新情報を優先してください。

過去の確定申告を扱う

「過去の申告をまだ提出していない」「提出済みの内容を直したい」「帳簿の前年残高だけ直したい」では手続きが異なります。過年度という言葉だけで一括りにせず、未提出か、提出済みか、税額が増えるか減るかを分けてください。

未提出なら対象年分を選ぶ

期限後申告を行う場合は、対象となる会計期間を選び、その年分の帳簿と申告書を作ります。freeeやe-Taxが対応する年度、利用できる提出方法は時期によって変わるため、対象年分の公式ヘルプを確認してください。

期限を過ぎている場合は、納付や加算税などの扱いが関係する可能性があります。ソフト上で書類を作れたことだけで判断せず、早めに税務署または税理士へ相談しましょう。

提出後の修正は手続きが違う

提出後に誤りを見つけた場合、税額が増える修正申告と、税額が減る場合などに用いる更正の請求では手続きが異なります。さらに、freee会計とfreee申告では対応範囲が同じとは限りません。

公式ヘルプには、freee会計だけでは修正申告書作成に対応しないという案内と、freee申告で作成した所得税申告書をもとに修正申告書を作れるという案内があります。自分が契約している製品、元の申告方法、対象年度を確認し、画面だけで判断できなければサポートへ問い合わせてください。

前年帳簿を直接書き換えない

提出済みの前年帳簿に誤りが見つかっても、年度を巻き戻して数字だけを直せば申告も直る、というものではありません。提出した申告書と帳簿の関係を保ち、必要な訂正仕訳と税務手続きを分けます。

どの年度へ仕訳を入れるか、過年度遡及が必要か、税務申告を直すかは内容によって変わります。金額が小さいという理由だけで独自処理をせず、税理士へ確認してください。

エラーと入力漏れを防ぐ

確定申告のつまずきは、申告画面の操作だけが原因ではありません。前年情報の引継ぎ、カードの暗証番号、電子証明書、使えない文字、証明書の転記、帳簿の残高など、複数の場所で起こります。

控除は証明書と照らす

所得控除の入力では、証明書の金額、支払先、対象者、年分を見比べます。前年から自動で引き継がれた家族情報や住所も、今年の状況と一致するとは限りません。ふるさと納税のワンストップ特例を利用していても、確定申告をする場合の扱いを別途確認する必要があります。

税区分は候補のままにしない

自動で経理の科目候補が合っていても、税区分まで合うとは限りません。課税・非課税・不課税、軽減税率、インボイス経過措置などは取引内容と時期で変わります。確定申告前に、前年と違う税区分や高額取引を抽出して確認しましょう。

消費税申告が必要な方は、所得税の確定申告とは別に対象取引と申告内容を確かめます。課税事業者か、簡易課税を選択しているかなどの判断は、税理士や税務署へ相談してください。

電子申告エラーは表示から探す

利用者識別番号や暗証番号の誤り、電子証明書の期限、カード読取、アプリの更新、申告書で使えない文字など、エラーごとに対処が違います。エラー文をそのまま控え、どの画面・どの項目で出たかを記録して公式ヘルプを探します。

送信前チェックで帳票名と項目名が示された場合は、その項目を修正します。金額欄へハイフンが入っているなど、見た目では気づきにくい文字形式が原因になることもあります。むやみに再入力するより、エラー箇所を一つずつ確かめるほうが早道です。

freee会計の確定申告に関するよくある質問（FAQ）

Q1. freee会計だけで確定申告を完了できますか？

A. 対応する年分と申告内容であれば、帳簿作成、確定申告書類の作成、電子申告まで進められます。ただし、個別の経費・控除・税区分の判断は利用者が行います。特殊な所得や申告内容がある場合は、対応範囲を公式ヘルプで確認してください。

Q2. freee会計は無料のまま確定申告できますか？

A. 無料体験やお試し状態では操作や申告内容の入力を試せますが、申告書類の出力・提出には制限があります。実際の確定申告へ使うなら有料プランを前提に考え、契約時点の公式料金表と機能表を確認してください。

Q3. 青色申告65万円控除はfreeeを使えば自動で受けられますか？

A. 自動ではありません。青色申告の承認、複式簿記、貸借対照表・損益計算書、期限内申告などの要件に加え、e-Tax送信または優良な電子帳簿保存に関する要件があります。申告する年分の国税庁資料を確認してください。

Q4. マイナンバーカードなしでe-Taxできますか？

A. 既にID・パスワード方式の届出を済ませている方は、2026年8月時点で引き続き利用できます。ただし新規発行は2025年10月に停止され、令和9年分から利用終了予定です。新たに始める方はマイナンバーカード方式または書面提出を検討してください。

Q5. 過去の確定申告や提出後の修正もできますか？

A. 対象年度や利用製品により対応範囲が変わります。未提出の期限後申告、提出後の修正申告、更正の請求、前年帳簿の訂正は別の手続きです。freee会計とfreee申告の違いもあるため、対象年度の公式ヘルプと税務署・税理士へ確認しましょう。

freee会計の確定申告は帳簿から始める

freee会計の確定申告画面は、初めての方でも順番に入力しやすく作られています。しかし、申告書の数字を支えるのは一年分の帳簿です。未登録明細、重複、残高差、売掛・買掛、固定資産、家事按分、棚卸を先に確認し、その後で申告内容へ進みます。

提出はマイナンバーカード方式を基本に準備し、送信前チェック、受付結果、受信通知まで確かめてください。ID・パスワード方式は新規発行が停止されているため、古い解説だけを見て準備しないことも大切です。

料金・プラン・提出方法・制度要件は変わる可能性があります。2026年8月時点の内容として読み、契約時はfreee公式、申告時は国税庁・e-Taxの最新情報を優先しましょう。個別の経費計上、家事按分、控除、税区分、過年度修正は税理士または税務署へ確認してください。